Die Klosterkirche Ilsenburg stammt zu großen Teilen aus dem letzten Viertel des 11. Jahrhunderts. Bei einer Umgestaltung des Inneren der Klosterkirche im späten 12. oder frühen 13. Jahrhundert wurde das Langhaus gewölbt und ein Stuckestrichfußboden eingebracht. Von diesem hochmittelalterlichen Schmuckfußboden haben sich aufwendig gestaltete Reste in beträchtlichem Umfang in situ erhalten. Er zeigt florale und geometrische Ornamente sowie figürliche Darstellungen. Diese wurden als Ritzzeichnungen angelegt, die anschließend mit schwarzer und roter Stuckmasse gefüllt wurden. Aufgrund der erhaltenen Reste kann man sich einen den gesamten Kirchenraum einnehmenden Baum des Lebens und der Erkenntnis vorstellen. Gerahmt wird die Darstellung durch einen schmalen bordürenartigen Ornamentstreifen und einen breiten Ornamentstreifen zwischen den Arkadenstützen.

Das Ast- und Rankenwerk des Baumes umschließt symbolische Tierdarstellungen. In der östlichsten Ranke ist ein sich aufbäumender Hirsch, den ein Hund anfällt, dargestellt. In der nächsten Ranke ringelt sich ein stark fragmentiertes Fabelwesen mit geflügeltem Schlangenleib und gehörntem Kopf. Vor der Turmhalle im Westen des Mittelschiffs finden sich der Rest einer anthropomorphen Gestalt mit Arm und Bein und ein Fisch mit spitznasigem und gehörntem menschlichem Antlitz. Der Ilsenburger Stuckfußboden vermittelt noch heute einen lebendigen Eindruck von der ursprünglich aufwendigen Innenausstattung der Klosterkirche, die zu einer der vermögendsten und kulturell wie politisch einflussreichsten Abteien des sächsischen Raumes gehörte.